Wolą podatnika jest ustanowić pełnomocnika do reprezentowania go przed organem podatkowym. Przepisy ustawowe gwarantują podatnikowi, że organ podatkowy będzie się liczył z jego interesem, będzie respektował oświadczenie woli do działania przez pełnomocnika w wymienionym w pełnomocnictwie zakresie. Powierzając reprezentowanie swoich interesów pełnomocnikowi kontrolowany ma prawo oczekiwać pełnego wywiązania się z powierzonej mu funkcji, tak aby zapewnić poszanowanie pewności prawa i poczucia bezpieczeństwa prawnego. Zatem podatnik może wyznaczyć osobę, która będzie reprezentować go w zakresie kontroli podatkowej. Upoważnienie musi mieć formę pisemną. Taką osobę należy zgłosić naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym. Jest z tym pewien problem. Otóż zgłoszenia można dokonać dopiero wtedy, kiedy ma się wiedzę o wszczęciu kontroli. Wiedze taką dostarczają podatnikowi sami kontrolujący, a oni nie są zainteresowani w kontaktach z pełnomocnikiem, szczególnie wtedy kiedy osoba taka ma kompetencje i chęć występowania w interesie podatnika. Zakres uprawnień osoby reprezentującej podatnika w czasie kontroli podatkowej określony został w art. 281a § 2 Ordynacji podatkowej. Przyjmuje się, że jeśli upoważnienie nie stanowi inaczej, osoba wyznaczona przez podatnika może odebrać zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli, wyrazić zgodę na wcześniejsze jej rozpoczęcie, odebrać upoważnienie do jej przeprowadzenia. Jest ona także uprawniona do działania w zakresie zakończenia kontroli podatkowej, złożenia wyjaśnień i zastrzeżeń do protokołu kontroli oraz wszystkich czynności kontrolnych. Tak więc osoba wyznaczona przez podatnika jako jego reprezentant w zakresie kontroli może zgłosić zastrzeżenia do protokołu kontroli, chyba że co innego będzie wynikało z treści danego jej upoważnienia. Jeśli przedsiębiorca wyznaczy osobę, która będzie reprezentowała go w kontaktach z urzędem skarbowym, to gdy zostanie wszczęta kontrola, upoważnienie do jej przeprowadzenia trzeba wysłać do tej osoby. Możliwość pominięcia – w toku podejmowanych czynności – pełnomocnika niweczyłaby tak rozumianą harmonię (spójność) owych gwarancji, stawiając kontrolowanego w niezrozumiałej i trudnej do wytłumaczenia sytuacji.
Potwierdził to Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 1 października 2009 r., II FSK 670/08. uznając prawo podatnika do zakwestionowania w takiej sytuacji ustaleń kontroli. Często zdarza się, że organ pomija fakt udzielenia przez podatnika upoważnienia do reprezentowania go w trakcie kontroli podatkowej, przez swojego pełnomocnika, nazwijmy go ogólnego.
Nie oczekujemy, że organ uzasadni dlaczego kwestionuje upoważnienie do reprezentowania podatnika w trakcie kontroli podatkowej wystawione na podstawie ogólnego pełnomocnictwa. Skoro to pełnomocnictwo ogólne obejmuje umocowanie do dokonywania czynności związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej i przyjmowania oświadczeń woli w ww. zakresie, to nie ma żadnych racjonalnych podstaw, by kwestionować wyraźnie wyrażoną w tym dokumencie wolę podatnika, ignorowanie upoważnienia do reprezentowania w trakcie kontroli i przeciwne twierdzenie, moim zdaniem będzie naruszało konstytucyjną zasadę państwa prawa, a konkretnie – zasadę autonomii woli strony. W tej sytuacji od podatnika zależy, kiedy wykorzysta ten błąd organu.